質譜儀以離子源、質量分析器和離子檢測器為核心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的裝置。電離后的分子因接受了過多的能量會進一步碎裂成較小質量的多種碎片離子和中性粒子。它們在加速電場作用下獲取具有相同能量的平均動能而進入質量分析器。

    質譜分析手段在過去的十年中飛速發展，目前這種分析手段的應用幾乎遍及每個角落。尤其是在生命科學領域中，質譜分析已經成為蛋白質以及小分子應用中*的一種分析手段。

    從技術的角度來說，大部分的質譜儀都無法獲得所需要的所有信息，因此必須同時應用兩種或更多的檢測手段來達到*大的靈敏度和生產能力。

    對于某些應用來說，由于產物離子的靈敏性通常情況下不是很強，因此想要通過三倍的四極矩設備來獲得高質量的譜圖是非常困難的。這種靈敏性上的欠缺可以通過QqTOF技術來克服，這種技術能夠提供附加的質譜信息，但是真實的前體和中性損失掃描實驗以及可信賴的定量分析就很難實現了。盡管離子阱質譜儀（MS）可以實現多次敏感的質譜（MSn）實驗，從而弄清楚反應機理，簡化光譜的干擾。

    但是前面的問題對于三維離子阱技術來說同樣無法避免。盡管如此，三維離子阱很容易發生過載現象（空間充電效應），這種現象可能導致質量漂移，分解損失以及光譜和校準曲線的非線性。因此，三維離子阱不適用于較大量的分析。所有這些在**代混合線性離子阱/三倍四極質譜儀開發出以后都得到了改變，來自Applied Biosystems 和MDS SCIEX公司的Q TRAP LC/MS/MS系統，是在API 2000 LC/MS/MS平臺的基礎上開發出來的，產品已經投放市場，馬上受到蛋白質以及藥物開發質譜儀領域的廣泛歡迎。